民国46年地质学者林朝綮在这里确认发现史前的炼铁遗迹后，将它定名为十三行遗址。至于十三行人为什么在这里生活了一千多年后突然消失，仍然是个谜，只是从一些证据看来，十三行人很有可能是平埔族凯达格兰人的祖先。至于为什么将它命名为「十三行遗址」？根据考古学习惯，史前遗址的命名大多采用发现地的最小地名，而十三行遗址之得名，就是因为遗址所在地，台北县八里乡顶罟村的别名为「十三行庄」。之后陆续有多位考古学者在此进行发掘，出土陶器、铁器、墓葬等各类丰富的遗物。经研究得知，十三行人生活在距今1800～500年前，属于台湾史前的铁器时代，除了考古文化吸引人之外，博物馆的建筑也相当有特色，现代感十足。
